Noctua 12V Lüfter entsprechen den etablierten, von Intel und AMD entwickelten Standard-Spezifikationen für PC Systeme. Komplettsysteme von Acer, Apple, Dell, HP, Lenovo oder anderen großen Marken weichen vielfach von diesen Spezifikationen ab, indem z.B. proprietäre Lüfteranschlüsse, abweichende Pin-Belegungen bzw. -Funktionen oder unterschiedliche Methoden zur Lüftersteuerung verwendet werden. Dies kann bei der Verwendung von Noctua Lüftern in Systemen solcher Marken zu Kompatibilitätsproblemen führen. Zwar können manche dieser Probleme mit entsprechenden technischen Kenntnissen vermieden werden, in vielen Fällen - wie etwa bei BIOS-bezogenen Problemen (z.B. Fehlermeldungen oder Abschaltungen aufgrund niedriger Lüftergeschwindigkeit) - lassen sich die Probleme jedoch nicht lösen. Aus diesem Grund werden Komplettsysteme von großen Marken wie Acer, Apple, Dell, HP oder Lenovo durch Noctua nicht offiziell unterstützt.